fastq文件怎么打开 fastaq,fq文件如何打开教程

现在科研中常用的高通量测序技术下机后会生成大量的fastq格式文件，而要分析这些数据就必须要打开这些文件。那么fastq文件怎么打开呢？常见的打开方式是使用文本编辑器，但这样看起来不直观、容易混淆。今天我们就来讲解一下fastq或fq格式文件如何打开，以便更好地处理后续数据。

fastaq,fq文件如何打开教程

生命科学研究生的苦逼在于：一切从零开始！什么是fastaq结尾的文件？

fastaq结尾的文件是Illmina公司二代测序结果输出的标准文件，其中每一条序列信息包括4行：

@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGT
+HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC6

简单来讲，@开头的第一列是reads的ID以及其他信息。第二列是序列信息。+开头的第三列是跟随该read的名称（一般于@后面的内容相同），但有时可以省略，但“+”一定不能省。第四行代表reads的质量

如何打开fq文件呢？

有多种方式可以打开fq文件： 1. 最为原始的是在Linux服务器上用查看文本的less命令或cat命令例如：

less [参数]... 目标文件
参数：
-S：单行显示
-N：行号加入编号
示例：less -S -N ~/.bashrc
实例：
zless -S SRR1039510_1.fastq.gz #由于是压缩文件用zless打开压缩的fq文件，-S一定大写，注意！空格键表示继续查看，按q键表示退出
#结果如下
@SRR1039510.1 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1
TGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAACCTGGGAGGCAGAGGT
+SRR1039510.1 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1
HJJJIJJJJJJJJIJJJGHHIJIIIIIIJJEHGGIJGIJIJJIJHH
@SRR1039510.2 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1
AAAGAAGGCGACAGTGAGAAGGAGTCCGAGAAGAGTGATGGAGACC
+SRR1039510.2 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1
HJJJJJJJJJJJIJIIGIJJJJGJHJJJHHDFFFE@CEEEDDDDDD
cat [参数] 文本... # 注意cat一次打开全部文本，如果文件太大会导致服务器卡死，需要联合head命令和tail命令使用，打开文件的头部和尾部
参数：
-n: 按行数编号
-A：等价于-vET
实例：
zcat SRR1039510_1.fastq.gz|head -n 10 # |是管道符用于传递数据，head用于查看文件的头部数据，可以定义查看头几行
#结果
@SRR1039510.1 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1373:2104 length=63
TGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAACCTGGGAGGCAGAGGTTACAGTGAGCCGAGATT
+SRR1039510.1 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1373:2104 length=63
HJJJIJJJJJJJJIJJJGHHIJIIIIIIJJEHGGIJGIJIJJIJHHHGGFFDFFFDEDDDBDC
@SRR1039510.2 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1340:2124 length=63
AAAGAAGGCGACAGTGAGAAGGAGTCCGAGAAGAGTGATGGAGACCCAATAGTCGATCCTGAG
+SRR1039510.2 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1340:2124 length=63
HJJJJJJJJJJJIJIIGIJJJJGJHJJJHHDFFFE@CEEEDDDDDDDDDDDDDDDBDDDDDDD
@SRR1039510.3 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1273:2183 length=63
CTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGTCCCAGTGGTGAAGAAGGAAAGAGAGGCCCTAATGGGG

同时也可以用pycharm软件打开fq文件，直接拖入打开即可 ###现在我们知道fq的数据是如何打开了，然而我们通常进行处理的文件是fasta文件，如何将fq无损的转化成fasta文件？ 有以下几种方式可以将fq格式文件转化成fasta文件：在Linux服务器上用基础命令来实现这个转换：

zless -S SRR1039510_1.fastq.gz| paste - - - -|cut -f 1-2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>' |less -S > SRR1039510_1.fasta
#结果为：
>SRR1039510.1 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1373:2104 length=63
TGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAACCTGGGAGGCAGAGGTTACAGTGAGCCGAGATT
>SRR1039510.2 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1340:2124 length=63
AAAGAAGGCGACAGTGAGAAGGAGTCCGAGAAGAGTGATGGAGACCCAATAGTCGATCCTGAG
>SRR1039510.3 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1273:2183 length=63
CTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGTCCCAGTGGTGAAGAAGGAAAGAGAGGCCCTAATGGGG
>SRR1039510.4 HWI-ST177:290:C0TECACXX:1:1101:1562:2147 length=63
CTTGGCTGCAGCCATCCCGCTTAGCCTGCCTCACCCACACCCGTGTGGTACCTTCAGCCCTGG
# 同时生成SRR1039510_1.fasta文件。
# 同时zcat SRR1039510_1.fastq.gz| paste - - - -|cut -f 1-2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>' |less -S 也可实现这种转换

如果你不需要查看fq中的具体内容，可以用软件实现fq到fasta文件的转换。fastX_tool软件可以实现相同的功能

fastq_to_fasta -Q33 -v -n -i SRR1039510_1.fastq -o SRR1039510_1.fasta
#其中-Q33是必须添加的参数

如遇生信方面的技术困难欢迎咨询猫叔！

　　总的来说，打开fastq或fq文件很简单。只需要使用适当的文本编辑器或者基因组学软件即可。无论是查看序列数据还是进行序列分析，打开fastq/fq文件都是科学研究中重要的一步。希望本文中提供的教程能够帮助到需要的读者。